Negli organi di Formazienda sono presenti in misura paritetica componenti nominati dalla Confederazione datoriale SISTEMA COMMERCIO E IMPRESA e dalla Confederazione dei lavoratori CONF.S.A.L. ad eccezione del Collegio sindacale ove, il Presidente è nominato dal Ministero del Lavoro, della Salute e della Previdenza Sociale.
Gli organi sono:
Assemblea;
Presidente e Vicepresidente;
Consiglio di Amministrazione;
Collegio dei Sindaci.